O Sindicato dos Professores da Região Açores estrutura o seu trabalho ao nível dos seus Membros Directivos eleitos, distribuídos pela Mesa da Assembleia Geral, Direcções de Áreas Sindicais de Ilha e Conselho Fiscal.
As Delegações criadas são as de Santa Maria, S. Miguel, Terceira, Graciosa, S. Jorge, Pico, Faial e Flores/Corvo.
A organização interna do Sindicato dos Professores da Região Açores contempla reuniões mensais da Direcção, reuniões semanais das Direcções de Ilha e reuniões periódicas dos Grupos de Trabalho.
O trabalho central do SPRA concretiza-se através da Direcção e dos diferentes Grupos de Trabalho.